錢謙益不禁心灰意冷：崇禎帝有心奮起，在位十七年絞盡腦汁“撥亂反正”，頻換宰輔，自己卻沒有一次被錄用；1644年，明朝前狼後虎，在與農民軍與清軍的戰鬥中屢戰屢敗，這時崇禎終於想起了錢謙益，急命使臣傳召，然而李自成大軍克京，錢謙益在家還沒收到信，崇禎已跑上景山，上吊自殺了。
明朝滅亡了，朝臣忙轉移據點到南京小朝廷，史稱南明。錢謙益準備與好友史可法一起擁立潞王，卻被馬士英捷足先登，擁立福王為弘光帝。於是錢轉身抱福王大腿，再通過嬌妻柳如是與阮大鉞的關係，混了個禮部尚書兼太子太保。
然而不到兩年，清軍逼近南京，南明政府苟安一隅的日子也到頭了。錢的朋友大多絕食而卒，如袁樞；也有抗清被俘後不屈而死的，如史可法；錢的政敵一路外逃直至被殺仍誓不投降，如馬士英。情勢逼人，柳如是也勸丈夫投水殉國，錢謙益卻稱水太涼，“謝以不能”，轉投清政府，並剃發迎降。其時舉國臣民皆惶惶然，自保尚不能夠，都無暇顧及這位文人政士的舉動。錢謙益鬆了一口氣，帶著妻兒包袱在清政府做起了禮部侍郎，卻不知秋後算賬的厲害。
錢謙益順治三年正月做官，飽受良心和輿論的折磨，六月就辭官回家了。盡管隻有短短幾個月的時間，這仍成為了錢一生中抹不去的汙點。於是錢秘密協助好友黃毓祺的反清複明活動，尤其是在順治十六年，錢謙益接應鄭成功水軍入江，並與柳如是一起秘密從事民間反清活動，以期自贖投清的失節。
這段時間他也寫下了不少動人心弦的詩句，昭告了其內心的強烈悔恨，如《投筆集》中的《後秋興》組詩。《後秋興》共一百零四首，憑借錢的文采，不能不說是一部詩史。然而其政治上的搖擺不定已讓人們失去了對他的信任，反倒認為字字句句都是“自飾”而非“自贖”。後人紛紛表示：平生談節義，兩姓事君王。進退都無據，文章哪有光；或是直接否定他的人品：失路幾人能自訟？莫將婁水並虞山（婁水代稱同樣降清的吳偉業（吳梅村）；錢謙益則稱虞山先生）。
錢謙益在同儕中抬不起頭，為明朝遺民所不齒，又遭清朝皇帝厭棄，遂心灰意冷。康熙三年他臥病不起，鬱鬱而終，卒時82歲，可稱長壽。然而這長壽卻是他的災難，求死不能之苦楚、苟活偷安之悲辛他深有體會，並留下了長長的歎息：“望斷關河非漢幟，吹殘日月是胡笳。嫦娥老大無歸處，獨依銀輪哭桂花。”直到臨死前，他還痛呼著：“當初不死在乙酉日，這不是太晚了嗎？”
一失足成千古恨，再回頭已百年身。錢謙益死後百餘年，乾隆以“其人實不足齒，其書豈可複存”為由，點名查禁、銷毀錢的著作，並寫了一首戲謔他的小詩，以表達自己的鄙視之情。乾隆為什麼這麼不待見錢謙益，是有多重原因的。
從政治上來說，貳臣是所有皇帝都感到膈應的一類人，防不勝防，不得不防，有時防了也沒用。非我族類，其心必異——你原以為錢老爺子頗有節氣能為國殞身，誰承想他主動剃發出城迎降；你以為他隻求保命苟且偷安，誰承想他一轉身又幹起了反清複明的“勾當”？“亂臣賊子”輕易要不得，不會做人的貳臣更要不得！
從道德上說，錢謙益的降清，不同於王維之降。錢向清朝低頭，是背叛了漢族，背叛了最後一個漢人王朝，背叛了當時的民族與文化，更加為人所不齒。偏偏錢謙益投清還要顧麵子、找台階，擬了一篇降清文稿，理直氣壯曰：“誰非忠臣，誰非孝子，識天命之有歸，知大事之已去，投誠歸命，保全億萬生靈，此仁人誌士之所為，為大丈夫可以自決矣！”硬把自己從投機倒把分子描繪成仁人誌士，從識時務之俊傑描繪成保全生靈之聖母，實在讓人牙酸。
從捕風捉影的角度看，乾隆大興文字獄的潛質是一直都有的。有心人指責錢謙益的名字和清朝犯衝，這隻能說是命了——滿招損，謙受益啊！