佟悅認為，沈陽故宮應該是從1625年開始建造的，理由有二：首先，1624年，東京城還沒有建好，許多貝勒、大臣都還在忙著建自己的住所，努爾哈赤在沒有下達遷都命令之前，不可能在沈陽建造故宮；其次，努爾哈赤居住在位於城北的罕王宮，而不是故宮裏。如果沈陽故宮1624年就開始修建的話，那麼努爾哈赤為什麼不住在故宮裏反而要在故宮城旁居住？
謎團之三，誰是沈陽故宮的“總工程師”
宮殿屋頂上的琉璃瓦這些清代宮殿建築到底是誰設計的？又是由誰建造的？這一次，同樣是《侯氏宗譜》掀開了謎團的冰山一角。宗譜中記錄了這麼一段文字：“大清高皇帝興師吊伐以得遼陽，即建都東京，於天命七年修造八角金殿，需用琉璃龍磚彩瓦，即命餘曾祖振舉公董督其事，特授夫千總之職。後於天命九年間遷至沈陽，複創作宮殿龍樓鳳闕以及三陵各工等用。又賜予壯丁六百餘名以應運夫差役驅使之用也。餘曾祖公竭力報效，大工於是乎興。選擇十七名匠役，皆竭力報效……”
佟悅認為，這段文字說明，侯振舉這個人與沈陽皇宮的營造關係很大。從以上文字可以判斷，侯振舉應該是建造故宮的負責人之一，但是考慮到沈陽故宮中有許多建築是滿蒙風格，侯振舉作為一個漢人，不可能設計出來，所以除了侯振舉之外，應該還有其他的設計者和建造者。
對此，也有人提出了不同意見。有的專家認為，侯振舉隻是“燒製琉璃瓦的管窖人”，而不是沈陽故宮的“工程師”，因為侯振舉是從海城遷至沈陽的，根據《海城縣誌》載：“城東南三十五裏，在岩山山麓有黃瓦窖，製黃琉璃瓦。清時工部派五品官監製黃瓦。以備陵寢宮殿之用。”其卷二《民族》中有這樣的記載：“侯氏，原籍山西明福縣，後徙本境。清初隸漢軍旗，世襲盛京五品官，監製黃瓦，族繁戶眾，世居城東南析木城。”該縣誌又在《重修缸窖嶺伯靈廟碑記並序》中說：“清初修理陵寢宮殿，需用龍磚彩瓦，因賞侯振舉盛京工部五品官……”所以，究竟是幾個人一同修築了這座清代宮殿，還是由某位大師具體設計，一直是未解之謎。
謎團之四，努爾哈赤是否修建了部分故宮
努爾哈赤在位期間，是否隻修建了部分故宮？這在史學界同樣存在很大爭議。有的專家認為，努爾哈赤在沈陽時一直都居住在故宮北門旁邊，而不是居住在沈陽故宮裏，這說明當時故宮肯定還沒建完。而且建造宮殿是一項耗資巨大工程，前期準備工作紛繁複雜，而努爾哈赤率部遷都沈陽18個月後便猝然離世。在這麼短時間裏，根本沒有足夠時間能將複雜的宮殿建造得如此之快。
而有的專家則認為，一年半時間也不算太短，在遼陽城建造宮殿時也隻用了兩年多時間，努爾哈赤在位期間完全有時間修建宮殿。而根據史料最早記載，1627年正月初一，皇太極在大政殿舉行典禮儀式。按照沈陽的天氣，說明大政殿在1626年10月之前就應該完工。也就是說，在努爾哈赤時期，大政殿和與之成組的建築在當時應該已經建好了。