但不久之後，就有大臣揭發多爾袞橫行霸道、陰謀篡權等一係列悖逆罪過。順治帝於是下令撤去多爾袞在太廟中的牌位、籍沒府中所有不義之財，並將其心腹黨羽處死示眾。據說，當時人們還將多爾袞的屍體挖出，鞭屍砍頭，以解臣民之恨。
公元1651年，年僅14歲的小皇帝福臨在太和殿宣布親政，後親理朝政10年，並使清朝政權得以鞏固，這與莊太後的全力輔佐是分不開的。
公元1651年二月，布木布泰太後誥諭皇帝說：“為天子者，處於至尊，誠為不易。民國者之本，治民必簡任賢才，治國必親忠遠佞，用人必出於灼見真知，蒞政必加以詳審剛斷。賞罰必得其平，服用必合乎則。毋作奢靡，務圖遠大，勤學好問，懲忿戒嬉。倘專事佚豫，則大業由茲替矣。凡機務至前，必綜理勿倦，誠守此言，豈惟福澤及於萬世，亦大孝之本也。”這份誥諭，既反映了我國曆代治國的經驗，也是針對少年皇帝的具體情況，有的放矢。既是對兒子的殷切期望，也是諄諄告誡。這份誥諭，順治帝稱為“作君之則”，作為自己的座右銘。福臨遵照母後的教導，親政後立即開始經筵大講，宣傳儒家經典。他經常到內三院與漢人文臣討論曆朝治國的得失，總結治國的經驗，選賢任能，嚴懲貪官，對朝政進行了一係列改革，並取得了一些成就，不負母後所望。同時，太後在後宮大力支持朝政。她對漢人將領孔有德、尚可喜等，撫孤結親，使其為清朝更好的效力。
公元1652年，入關前降清的定南王孔有德死，遺有一女孔四貞，皇太後把她收為養女，賜號四貞格格，“育之宮中，賜金萬兩，歲俸視同王。”
公元1656年，禮部奉聖母皇太後諭，立孔氏為東宮皇妃。孔四貞“自陳有夫”，早年已許配孫延齡。皇太後尊重孔四貞本人的意願，放棄了立為皇妃的打算，召孫延齡入宮，令其結為夫婦，賜第東華門外。
順治十年（1653年），皇太後將皇太極的第14女，嫁給吳三桂子吳應熊為妻。
公元1660年，她又將撫育宮中的原承澤親王碩塞之女封為和碩公主，下嫁入關前降清的平南王尚可喜之子尚之隆。通過這些聯姻，一方麵聯絡感情，以結其心，另一方麵也加強控製，留居京師的額駙，實際上成為人質。太後在後宮提倡節儉，常將節餘銀兩賑濟災民。
公元1654年，皇太後發宮中銀4萬兩救災。順治十三年（1656年），她又發宮中銀3萬兩，賑濟直隸災民。
福臨年少，血氣方剛，性格急躁遇事常不冷靜。公元1659年七月，堅持抗清的鄭成功從廈門率舟師北伐，攻克長江的門戶鎮江，圍困南京，震驚清廷。順治帝舉止失措，想要退守關外。皇太後斥責他說：“你怎麼可以把祖先以勇敢得來的江山這樣輕易地放棄呢？”福臨由羞愧轉為怨怒，說：“我要親自出征，或勝或死。”他甚至拔劍擊案，以示決心。皇太後竭力勸阻，又遣福臨的奶母與在京的傳教士反複勸說，終於使狂怒的皇帝冷靜下來，放棄了禦駕親征的打算，留在北京坐鎮指揮。順治十七年（1660年）八月，福臨因寵愛的董鄂妃病故，陷入極度悲痛之中，甚至要削發為僧，也為皇太後等人所勸止。製止少年皇帝的輕舉妄動，盡量減少不必要的失誤，這也是隻有皇太後才能辦到的。
順治在太後的輔佐下，先後掌權11年，為清朝的發展奠定了基礎。
公元1661年，年僅24歲的順治帝因天花病死於養心殿，由順治帝8歲的兒子愛新覺羅·玄燁即位，是為康熙帝，尊祖母莊太後為太皇太後。莊太後常常勸誡康熙帝要以國事為重，力爭做一個勤政愛民的好皇帝。
8歲的康熙繼承皇位，由索尼、蘇克薩哈、遏必隆和鼇拜四大臣輔政。這四位大臣都不是出自皇族，在順治親政時，他們經常侍從皇帝左右，而且接近莊皇太後。皇太後有事，常通過索尼、鼇拜等傳諭“啟知皇帝”。有一次，皇太後患病，鼇拜等近侍衛護，晝夜勤勞，食息不暇，受到嘉獎。可見，四大臣與皇太後的關係非同一般，他們授任輔政，顯然是出自皇太後的意旨。
康熙即位後，安徽桐城秀才周南，不遠千裏來北京請太皇太後垂簾聽政。以太後的威望和能力，這是完全可以做到的，可太皇太後斷然拒絕了。她諭示諸王、貝勒和大臣們說：“你們思報朕子皇帝之恩，偕四大臣同心協力，輔佐幼主，則名垂萬世。你們這樣，我也就放心了。”