慶元元年（1195），朱熹在朝廷的支持者趙汝愚受韓侂胄排擠被罷相位，韓勢盛極一時。韓因朱熹曾參與趙汝愚攻擊自己的活動，於是發動了一場抨擊“理學”的運動。慶元二年葉翥上書，要求把道學家的書“除毀”，科舉取士，凡涉程朱義理不取。由於朱熹勾引兩個尼姑當自己小老婆的事情暴露（恐為栽贓），監察禦史沈繼祖乘機指控朱熹十罪，請斬。朱熹的得意門生蔡元定被逮捕，解送道州。一時理學威風掃地，被斥為“偽學”，朱熹被斥為“偽師”，學生被斥為“偽徒”。寧宗一改舊態，下詔命凡薦舉為官，一律不取“偽學”之士。
慶元六年（1200年）三月初九，朱熹終於在建陽家裏憂憤而死，享年七十一歲。臨死還在修改《大學誠意章》，可見他是如何矢誌於樹立自己的理學，然而生前終未如願。
朱熹著作
朱熹一生著述極豐，是中國曆史上著作最多的儒家學者之一，《宋史·藝文誌》中著錄者有四十餘種，未著錄的尚有二十餘種，另外由其弟子或後人編纂的著作也有二十餘種。清代史學家全祖望在《宋元學案》中稱他“致廣大，盡精微，綜羅百代矣”，並非溢美之虛語。
朱熹的主要哲學著作有《四書章句集注》、《四書或問》、《太極圖說解》、《通書解》、《西銘解》、《周易本義》、《易學啟蒙》等。此外還有《朱子語類》、《朱子家禮》、《朱文公文集》，等。
朱熹一生的主要精力傾注在講學和著述上。他在哲學上發展了二程（程顥、程頤）關於義理關係的學說，集理學之大成，建立了一個完整的客觀唯心主義的哲學體係，成為後來封建地主階級的正宗哲學，在思想領域中起了長期的消極作用。
尤其是《四書集注》，元、明以後成為《四書》的官方注解，以後的科舉以《四書》為考試出題的範圍，作這種題目必須以朱熹的注解為根據，如果文章違背了朱熹的注解，那就沒有被錄取的希望了。朱熹的地位也因此隨之提高了。一般的知識分子都讀儒家的經典，實際上是隻讀《四書》，對於《四書》的了解實際上隻限於朱注。就像現在西方的君主立憲國家，君主被架空了，實權在於內閣總理。在元、明、清時代，孔丘雖然還是被尊稱為“至聖先師”，但卻被架空了，朱熹是他的“內閣總理”，一般人都尊稱他為朱子。
在文學觀點上，朱熹與二程相近。他倡導文道一貫之說，強調文道統一，認為道是文的根本，文是道的枝葉，二者不能分開，反對“文以貫道”：“這文皆是從道中流出，豈有文反能貫道之理？”（《朱子語類》卷一百三十九）主張人們隻要修道明理而力行不倦，文便能隨道的產生而產生，好的文章便是文道合一的產物。因而，他對唐宋古文大家們重視文的作用不滿，說他們是“棄本逐末”。
朱熹指導他的學生蔡沈作《書集傳》，還和他的學生們作《通鑒綱目》，這是對司馬光的《資治通鑒》加以改編，加入了所謂“春秋書法”。朱熹沒有注解《春秋》，但以這一部《通鑒綱目》作為繼續《春秋》的著作。在古典文學著作中，他作了《楚辭集注》，《韓文考異》。還作有《易學啟蒙》、《陰符經注》、《參同契注》，後兩種他沒有用真名。
朱熹的《朱子語類》140卷，涉及麵很廣，是宋代以後新的語錄體奠基之作。這種講經傳道、品評是非的口語化的文體，其特點是質樸無華，平易近人。如他論陶潛詩：“人皆說是平淡，據某看，他自豪放，但豪放得來不覺耳。其露出本相者，是《詠荊軻》一篇，平淡底人如何說得這樣言語出來？”（《語類》卷一百四十）論黃庭堅詩：“如《離騷》，初無奇字，隻憑說將去，自是好；後來如魯直恁地著力做，卻自是不好。”（《語類》卷一百三十九）這些話語，大都是他平時語言的忠實記錄，講述者的情感和語氣宛然，很有感染力。
朱熹所著《朱文公文集》（由其子編纂）共100卷，有《四部叢刊》影明刻本。又有《續集》11卷，《別集》10卷，與《文集》合刊為《朱子大全》，有《四部備要》本。另有《朱子詩集》單行，共12卷，明程璩編，有正德十六年（1521）刻本。《朱子語類》140卷，有成化九年（1473）陳煒刊本、石門呂氏刊本。《詩集傳》、《楚辭集注》均有上海古籍出版社新刊本。
朱熹還編輯有《五朝名臣言行錄》、《三朝名臣言行錄》、《伊洛淵源錄》、《近思錄》、《河南程氏遺書》和《外書》。後人把他的遺文編輯為《朱文公集》，把他的語錄編為《朱子語類》。清朝的康熙皇帝命李光地編了一部《朱子全書》，這部書號稱為“全書”，其實是《文集》和《語類》的選集。
朱熹文章長於說理，風格近似北宋文學家曾鞏。如《庚子應詔封事》力陳“國家之大務莫大於恤民，而恤民之實在省賦，省賦之實在治軍”，結構謹嚴，邏輯周密，語言平實，很能代表其文章風格。他的一些記事、寫景的短文，頗有文藝性。如《記孫覿事》（《文集》卷七十一），寥寥200字，通過孫覿寫降表“一揮而就”的情態及其“順天者存”的議論，刻畫出投降者的形象並給予辛辣的諷刺。《百丈山記》（《文集》卷七十八），寫澗水、瀑布、遠山、日光和雲濤變滅，細致準確，宛然在目。《送郭拱辰序》（《文集》卷七十六），先寫郭君為他畫像表現出“麋鹿之姿，林野之性”，後寫他將出遊，欲畫隱君子之形以歸，而以郭君不能從行為憾。其國土日蹙、賢人在野、朝政昏暗之意，都見於言外，是曆來傳誦的名篇。