在患病期間，他仍是有信心和幽默的。當時泰特和他在愛丁堡的同事巴爾發·斯圖爾特(Balfour Stewart)1875年寫了一本書叫《看不見的宇宙》，其內容是科普、神學和哲學思辨的奇怪混合物，它批判了牛頓把宇宙比成鍾表的思想。拉普拉斯曾經指出，如果你在某一時間知道了所有粒子的位置與速度，根據牛頓力學你就可以預言未來的一切事件，這樣的宇宙裏沒有自由意誌的地盤，也就否認了上帝。泰特和斯圖爾特把這種思想運用於以太（看不見的宇宙的組成部分）。
在這裏，上帝的思想在回蕩，影響了我們居住的這個世界，在以太中，也許能保留我們自己的思想，給我們難以捉摸的死後生活留下地盤。麥克斯韋試圖用科學術語來證明它：“任何新的發現，均不能證明沒有死後的生活存在，也沒有一種語言可以像聖經中的《詩篇》講得那麼好：‘他停止了呼吸，返歸了塵土’。”
“任何新的發現，均不能說明沒有死後生活的存在。”這句活從哲學的觀點看，當然是對的，但是又可以說，“任何新的發現也不能說明有死後生活的存在”。這就是關於死後的生活，關於天堂、地獄、天神、魔鬼等等，不屬於科學探討的範圍，我們無法確證它們，也無法否證它們，所以對它們來說，隻屬於信仰的範圍，這是康德的觀點。康德首先把科學知識與信仰（宗教）區分開來，他的《純粹理性批判》專講科學知識形成的條件，《實踐理性批判》專講道德。康德的這一思想是人類進入現代認識的最觸目的裏程碑。
“人們往往認為人格好像是在記憶中存在的，是意識連續性的別名，但是這樣研究人格（好像它是某種客觀的東西）是不可能對的。我意識到我獨立於我的記憶，我的信仰，多年來一直如此，但是隻要我想進入人格的深處，我就越超了科學的限度，一切科學，人類語言的每種形式，都是關於能使說者與聽者認識的客觀對象。不論什麼時間我們談到主體，我們就是在研究一個在虛假名字之後的客體，關於主體的頭一個命題是‘我是’，在同一意義上不能用於兩個人，因而永遠也不可能成為科學研究的對象。”不但信仰的對象不屬於科學研究的範圍，而且人的精神、意識、人格、情感等等也不能用一般的科學方法對它們進行研究，它似乎是不可量化的東西，不能使說者和聽者都一致認可（比如“桌子上有瓶花”）的東西。它們不能被編碼。從康德的觀點看，它們不屬於科學研究的範圍，不是科學知識。麥克斯韋看到了這一點，特別看到了“人都是個別的”（關於主體的頭一個命題是“我是”），這就是特殊性問題。但人與人之間為什麼又能交流呢？這是借助語言之功，但語言和詞是一般的東西，我們隻能以己度人。至於人家到底是怎麼感覺的，我是無從知道的。比如，我說“我現在感到頭疼”，別人就知道我處於什麼狀態。但我的疼是怎樣的，別人是不知道的。因為他隻能根據自己疼的經驗來推測“我疼”的狀態。麥克斯韋清楚地認識到了這一點。
“就我們能跟上科學的進步而言，它不可能為認識人的死亡增加什麼新的東西，但科學的進步卻深化了‘我們麵前可見的可毀滅部分，以及我們自己人格’之間的區別，關於其本性，其命運，遠遠超出了科學的範圍。”
在1879年8月28日寫給亥德斯通(Headstone)的信中，他說：
“在我沉思享受和勞作時，它們是永恒的、虛無縹緲的存在的部分——我在希望它們時，我開始痛苦地意識到感覺在本質上有限的多樣化（變化），它是有限的神經結合起來產生的結果，不論這種神經有沒有原生質的還是別的什麼結構，一切變化都在經驗中進行。那麼，通過看似矛盾的存在的永恒性，不能容許的重複也會有相同的和諧一致嗎？相同的考慮使J·S·穆勒(J.s.Mill)走到了絕望的邊緣，直到他在華茲華斯的詩中找到了醫治這種痛苦的藥方。”