風度翩翩的查理，迎來了他的愛情。這段情雖沒能天長地久，可查理時常想起熱情奔放的卡爾小姐以及她對自己摯熱的感情。宋子文對其在廣東革命政權整理財政的工作頗為滿意。他說，前半年奮其全力，將各軍隊及歧出機關之財政權，收歸本部直接管理，使統一日就完成。後半年廢除龐雜無定之組織與其管轄之移置，使明統係而便稽查。然後取消不良之管理，改善租稅製度。在其位，謀其政。
宋子文擔任南京政府財政部長後，麵臨著百業待舉、百廢待興的局麵。
宋子文采取整治措施：爭取關稅自主、改革鹽稅統稅、成立中國銀行、建立國家預算、發行巨額公債、施行廢兩改元。
有人稱他是“中國近代財政製度的奠基者”，也有人說他是“中華民國金融之父”。是對？還是錯？功過是非，任人評說。
1928年初，寧漢合流實現，蔣介石重新複職，宋子文以國民政府委員身份兼任南京政府財政部長。
南京政府建立初期，由於連年用兵，財政支出不斷增加。宋子文上台的第一天對記者談話稱：“現在收入每月僅二三百萬，支出須一千一百餘萬，相去甚遠。”因此，必須設法增加收入，穩定財政，鞏固統治。
關稅是近代各國收入的大宗，然而當時中國的海關仍為帝國主義所控製。中國關稅稅率自鴉片戰爭以來，由於受協定關稅的束縛，一直被凍結在值百抽五的水平上。這還隻是名義上的，實際上由於大部分貨品實行從量征稅，自1858年修訂稅價後又長期不變，海關征收的稅款折合稅率還低於值百抽五的水平。帝國主義國家依據協定關稅所掠奪的中國人民的財富，是無法統計的。我國自協定關稅以來，產業不能振興，洋貨不能抵製，權利外溢，百業凋殘。因此，取消協定關稅，已迫在眉睫。
當時，寧漢雖然已經合流，但北京奉張政府還未覆滅，還存在南北兩個政府。宋子文作為南京政府的財政部長，當然要反對北京政府對海關的要求。1928年1月27日，宋子文首次代表南京政府發表對海關態度宣言，稱“國民政府現統轄二十一省之十六省，所收關稅約占百分之七十。北京政府又非前經承認政府之法律繼承者，國民政府自不能承認任何團體有單獨行使管理關稅之權，或有派任何代理人行使此種管理之權。”從這個宣言中可以看出，宋子文當時考慮的還不是廢除協定關稅，而是同北京政府爭誰是繼承者。
1月29日，南京政府代理外長郭泰祺接見路透社代表，解釋宋子文27日宣言說：“此舉並無幹涉以海關稅續付外債之意；至於內債，以在國民政府轄境之關餘，供北京政府用作抵禦國民軍之兵費，似欠公允。”郭泰祺的這番話旨在說明南京政府行使關稅權後，將繼續以關稅抵作外債，各國不必為此擔心。
任南京國民政府財政部長的宋子文（1928年春）宋子文發表海關宣言後，署理總稅務司英國人易紈士從北京南下。2月7日，易紈士在上海訪晤南京政府外交部長黃郛，略述關稅問題意見：“（一）按以前關稅會議修正之七級表實行加稅；（二）由南北兩政府各發同文通知書與各國；（三）增加數目全國約六千萬兩，以一千萬兩留抵擔保不確實外債之基金，餘數按三七或****比例分配於南北（南方可淨增年額一千七八百萬元）；（四）第一次南北委員會議地點在大連，以後各次在上海。”2月16日晚，宋子文在上海私邸設席宴請易紈士。宋於席散後，乘夜車回南京商定關稅問題解決辦法。因北京政府從中作梗，廢除協定關稅拖延了一段時間。
1928年6月，南京政府第二次北伐勝利，張作霖決定放棄北京。6月4日在退往沈陽途中被日本人炸死。此後，廢除協定關稅步伐加快。7月25日，宋子文與美駐華公使馬克謨在北京首先簽訂了《中美關稅條約》。條約規定：“曆來中美兩國所訂立有效之條約內所載關於在中國進出口貨物之稅率、存票、子口稅並船鈔等項之各條款，應即撤銷作廢，而適應用國家關稅完全自主之原則。”隨後，南京政府又先後同挪威、比利時、意大利、丹麥、葡萄牙、荷蘭、英國、瑞典、法國、西班牙等國締結了“友好通商條約”或新的“關稅條約”。這些國家都在條約中承認中國的關稅自主。這樣就為統一稅則和陸、海關稅創造了條件。