很快地，大喜過望的曼努埃爾派出了另一支遠征隊，這一次的任務不是探險，而是征服印度，控製香料貿易。1500年3月9日，龐大的艦隊出發了，它包含有13艘船和1200人，占當時葡萄牙總人口的1‰，雖然與鄭和船隊的規模不能比，但對照以前的探險少則一條船，多則四條船的規模，可以說是空前的，也反映出國王誌在必得的雄心壯誌。艦隊的指揮官是毫無航海經驗的貴族佩德羅·阿爾瓦雷斯·卡布拉爾，發現好望角的迪亞士擔任其中一條船的船長。卡布拉爾受命告知卡利卡特的王公關於基督徒與穆斯林之間的世仇。這種世仇使得每個天主教國王都負有對神聖信仰的敵人進行戰爭的責任。艦隊根據達·伽馬的建議，遠離非洲西南海岸，繞一個弧形向西南方向前進。
但這個弧形繞得有點太大了，以至他們到達了南美大陸東部隆起的地方，巴西就這樣被發現了。卡布拉爾派一艘船回去報信，餘下的船繼續航程。在好望角附近，他們遇到了大風暴，有4艘船被毀，船上人員全部遇難，其中包括迪亞士，迪亞士曾闖過了印度航線的最艱險的道路，但最終他還是沒能到達真正的印度。
1500年9月，卡布拉爾到達卡利卡特，途中他們還發現了馬達加斯加。卡利卡特，是當時著名的貿易中心，中國古籍中稱為“古裏”，鄭和船隊曾多次到達這裏，約比達·伽馬早80年。現在的情況對葡萄牙人來說非常糟糕，他們在卡利卡特設立商站收購香料的行為損害了當地穆斯林大商人的利益，他們威脅沙末林說如果不采取措施，他們就到別的港口進行貿易，沙末林就得不到稅收。卡布拉爾則給沙末林施加壓力，要求給予優先進貨的權利，並且在他們沒滿載以前，穆斯林商人不得進貨，不得開船。後來，他動用武力洗劫了一艘穆斯林商船。這引起了眾怒，導致了1500年12月16日的商站事件，穆斯林大商人襲擊了商站，有53名葡萄牙人被打死。卡布拉爾非常憤怒，不分青紅皂白地炮轟卡利卡特城，從淩晨一直打到深夜，並且洗劫在港口內的商船，殺害了無辜船民600人。這加深了葡萄牙與當地居民和穆斯林的長期仇恨。但是卡布拉爾的行為受到與沙末林有世仇的附近的柯欽、坎納諾爾等小邦的歡迎，他們邀請卡布拉爾到他們的港口，賣給他們大批的香料。葡萄牙人充分利用了柯欽和卡利卡特的矛盾，在印度沿海建立了永久性的貿易據點和武裝據點。這樣，在東非海岸發生過的事又一次上演了，葡萄牙又一次利用當地人的分裂達到了自己的目的。
在卡布拉爾還未返回葡萄牙的時候，國王又派出了一支船隊奔向印度，從此開始了一年一度的遠征印度。1501年7月底，卡布拉爾回到了葡萄牙，在這次航程中，盡管他們損失了6艘船和許多人員，但他們的贏利超過了總花費的2倍。這是一次成功的航行，意味著阿拉伯人和威尼斯人對香料貿易的壟斷已經被打破，更重要的是葡萄牙還留下了據點，為下一步控製香料貿易做好了準備。
1502年，已被任命為印度洋海軍司令的達·伽馬又一次率隊出征了，這一次是真正的出征，他的艦隊由20艘船組成，其中的15艘裝備有重炮，其目的也是在東非和印度的西南海岸建立起葡萄牙的統治。
在今天坦桑尼亞南部港口基盧瓦，達·伽馬要求當地的蘇丹上船來商談和平友好通商條件，但卻背信棄義地扣留了他，然後以摧毀基盧瓦相威脅，強迫他每年向葡萄牙進貢。
艦隊繼續北上，在坎納諾爾附近他們遇到了一艘裝滿從麥加返回的穆斯林朝覲者的船，船上共有380多人，包括許多婦女和兒童。這艘船毫無抵抗地投降了，為了替在商站事件中死亡的葡萄牙人報仇，達·伽馬在洗劫了船上所有人的財物和船上裝載的貨物後，下令把所有的人關進船艙然後放火燒船，有的人受不了炙烤，滿身是火地跳入大海中。但達·伽馬不為所動，幾天之後船才被完全燒毀，僅有20名男童生還，他們被達·伽馬送回葡萄牙，要他們皈依基督教。