道真得到了宇多天皇前所未有的信任，連冊立太子、遜位這種大事都隻與道真一人商量。此時的道真早已不是讚岐衙內喝悶酒的道真了，同樣是重陽時節，他寫下了《重陽後朝同賦秋雁櫓聲來應製》：“碧紗窗下櫓聲幽，聞說蕭蕭旅雁秋。高計雲晴寒叫陣，乍逢潮急曉行舟。沙庭感誤鬆江宿，月砌驚疑鏡水遊。追惜重陽閑說出，宮人怪問是漁謳。”先前的悶氣早就一掃而光了。期間他還編著了《新撰萬葉集》，主編完成了《類聚國史》。道真在這段時間裏完成很多詩歌和經史典籍，很高的地位使他的文學才能得到了充分發揮，但是也消耗他不少的精力。
此時的菅原道真已經和藤原氏的首領左大臣藤原時平地位相當，又傳出宇多天皇遜位時與他單獨密議的事情，因此他便成了藤原家的頭號政敵，藤原家礙於天皇的寵信暫時無法擊倒道真，但是時刻都沒有放鬆對他的警惕。已經過了不惑之年的道真很明白自己繼續呆在右大臣位置的話，恐怕下場不妙，但是高處不勝寒，已經是關白候補的他不可能全身而退了。雖然作了多年高官，道真骨子裏麵還是一個文人，菅家的儒家傳統在學問外沒有給他任何實用的提示和幫助。所以，到了勢力消長的關頭，他沒有更加積極的去把握權力，反而感到不勝惶恐，迷茫著退縮著，這注定他在官場是要以失敗收場了。
雁足粘將疑係帛，烏頭點著思歸家。
公元九零零年元月，醍醐天皇下旨將道真貶為太宰府次官，名為貶謫，實為流放。事情的經過其實很簡單，藤原時平指使大納言源光、中納言藤原定國、藏人頭藤原菅根憊夜入宮，密報菅原道真欲廢醍醐帝、立齊世親王為天皇。齊世親王之妻是道真的三女寧子，而醍醐天皇的中宮是藤原時平的妹妹，這種敏感的外戚關係令十七歲的天皇十分恐慌，，又想起文章博士三善清行日前的奏折：“十月彗星出現，乃一大動亂之先兆。明年又值辛酉，為天道革命之運。”這裏麵充滿了改朝換代的暗示。天皇沒有想到清行與道真素有間隙，也沒有考慮到這可能是左大臣一派的一麵之詞，不顧與道真的唱和賜衣之情，終於下了詔書。宇多法皇聞訊前來卻被藤原菅根阻擋，無法進宮，眼睜睜看著道真就此離京，一去不回。
道真在太宰府的晚年是很淒慘的。在他赴九州上任的時候，藤原時平又暗中命令沿途驛站不得供應糧米和馬匹，使得已經五十七歲的道真苦不堪言。而貶謫地太宰府氣候惡劣，生活條件極差，房屋破敗，且時常缺米少鹽。第二年與他隨行的幼子隈麻呂夭亡，道真心律交瘁，自知命不久長，將謫居時的詩作整理成《菅家後集》，托付給弟子中納言紀長穀雄。翌年，便溘然長逝了，享年五十九歲。他在絕命詩《謫居春雪》中自比蘇武和太子丹，至死也沒放棄返京的祈盼：“盈城溢郭幾梅花，猶是風光早歲華。雁足粘將疑係帛，烏頭點著思歸家。”
道真死後，京城便流傳著許多奇聞，有人說他感動了天地成了明神，有人說他冤魂不散到處作崇。這些說法不是沒有根據，因為平安京確實地震頻發，凶兆連連。天皇也感到後悔了，宣布恢複了他的爵位。而後的一條天皇更追授菅原道真為正一位太政大臣，立廟祭祀，天皇還親自臨幸北野天滿宮主祭。當然，除非道真真的成了不死的鬼神，這一切的榮耀他是不會知道了。
判曰：菅道真學問成名在儒，宦場失意在儒。熟讀《論語》，怎不知夫子困於陳留之態？明知而故犯，隻為行天道盡臣矣。嗚呼，可敬，可歎。合十一拜，祭與北野天滿。