從政後，1978年李登輝出任台北市長，1981年10月出任台灣省主席，1984年3月23日成為國民黨台灣的副總統，蔣經國逝去，成為總統，他對農業科學具有造詣。在長達三十年的教學研究生涯中寫了一百多篇論文，代表作有《台灣農業發展對經濟成長之貢獻》、《台灣農業發展的經濟分析》、《台灣農業成長的過程與形態》等。
梁肅戎評價他“並不是一位不學無術的政客”。
宋美齡清楚李登輝並非是蔣經國的人，為防止台灣政局非蔣化，她希望“行政院長”俞國華接任或代理黨的主席，其理由是蔣介石去世時就是由行政院長蔣經國接任黨主席的。
李登輝有謀略，拉大旗做虎皮，把自己打扮成蔣經國的欽定接班人，他是蔣經國路線的忠實執行捍衛者。反對他就是反對蔣經國。從而騙取了元老派的支持。
李登輝在親信隊伍沒建立起來的時候，宣布保持“五院一人事的連續性，穩定了執政隊伍。
在朝野之間出現了強烈的擁李潮。這樣，宋美齡的阻李之舉不僅顯得蒼白無力，實際上還助長了“擁李風”，社會上不滿蔣家父子統治者，恰好借此機會發泄不滿：你說李登輝不行，我偏擁護他當主席；你說俞國華行，我偏反對他。
李登輝當總統後的第二天，官邸等人主張俞國華當黨主席，李煥不敢做主，1988年1月26日深夜，李煥找到梁肅戎商量誰當黨的主席。政策會秘書長趙自齊因摔傷未上班，梁肅戎成r實際上的秘書長，李煥希望眼光獨到且又開明的梁肅戎，縱橫地談談主席之位由誰來坐才有利於國民黨的前途。
李煥開誠布公地說：
“宋美齡和官邸等人想讓俞國華當黨主席，我想讓李登輝當黨主席，請肅戎您說說哪個意見利大弊小”。
梁肅戎似乎早就有了成熟的思考，說：
“蔣經國主席活著，一身二職，黨政大權集於一身，好了，歹了，都是一個人發出指令，不是令出多門，全局一盤棋，陣容不亂，黨政大權合為一體，利大。若抬出一俞國華，就得把李登輝從“總統”位置上趕下去，讓俞國華一身二職，即當主席又當“總統”。誰有能力趕李總統下台？“憲法”也不允許啊！李副“總統”依憲繼承了總統，如在他當“總統”的前提下，再另選出一個黨主席來，台灣島上就是一個山頭兩個王了，本來就不消停，往後的日子就更不好過了。我看，依李總統的威望和形勢的需要，由李總統當黨的主席，不僅順理成章，而且也有利於台灣的穩定。我支持你的意見”。
李煥是蔣經國晚年最信任的人，時任國民黨中央黨部秘書長，做為推選黨主席的協調人正屬其職，他聽了梁肅戎的意見，主意定了，信心足了，頂住宋美齡的壓力，並邀梁肅戎去向有關人宣傳二人既定的觀點。
很快，梁肅戎分管的“立法院”開明派代表、立委趙少康聯合三十八名立委署名發表聲明“推選李登輝先生代理本黨主席，以維護全民信心，並維護本黨形象”。
在這大趨勢下，決定1月27日召開中常委會，主題是選代理主席。李煥於1月27日早趕到中央黨部，和當天會議主席、中國時報董事長餘紀忠，“行政院長”俞國華統一認識：當天的會議要完成選代理主席任務。
李煥邀請輪值的餘紀忠擔任主席，是因李煥和他私交甚好。他倆在東北行轅時，餘紀忠是保安司令部政治部主任，李煥是餘紀忠的部下，後來李煥擔任大連市黨部書記長。
上午8點，和往常的中常會一樣，會議正常召開，直到9點，會議因為進行其他議程，推舉代理黨主席案還沒有人提出。此時，有一個人跳了出來，為李登輝勸進，這人就是宋楚瑜。
宋氏，祖籍湖南湘潭人，其父曾在蔣介石手下服務多年，本人為美國喬治城大學政治係博士，1974年返台後不久出任蔣經國的英文秘書，以後官職直線上升，蔣經國去世前夕轉任中央黨部副秘書長。
這時時針指向九點，宋楚瑜請求發言。宋楚瑜身為中央黨部副秘書長，在中常會上隻有列席權，如果不被點名則不能發言，對於宋楚瑜的唐突行為，與會者感到驚訝，作為會議主席的餘紀忠出於禮貌同意宋講話。
郝柏村是這樣記述宋的講話的：
“坐在列席人位上的宋楚瑜心急如焚，突然要求發言，陳述推黨主席案如不提出，‘對黨、對國傷害一天大過一天’、‘多拖一天，多對不起經國先生一天’，然後憤然退席，留下在場中常委一片愕然。”誰都明白，在當時的政治氣候下，宋楚瑜所為，是考慮到自己作為蔣經國最親近的人之一，在李登輝時期已無多大揮灑空間，隻有及早劃清與蔣經國的關係，漂洗身上的親蔣味，才能為迎接“李登輝時期”的到來立功、才能為投靠李登輝而創造條件。
宋楚瑜的發言，等於把全體中常委逼到隻有同意李登輝出任代理黨主席的邊緣。原先沒有人提案，同意與否定的矛盾不突出，擁李和親蔣都用不著公開表態。現在則不一樣，宋楚瑜的挑戰，親蔣派不敢公開反李，擁李派趁勢而上，結果擁護李登輝代理黨主席成為一邊倒，會議一致同意李登輝出任國民黨代主席。
然而，宋楚瑜也確實贏得了李登輝的好感，實現了日後青雲直上的美夢。
03多於院長一票的副院長
梁肅戎於1988年8月擔任中央政策會秘書長，七個月後，即1989年2月當選為立法院副院長。
李登輝代理黨主席，急於鞏固親李派的權力，把信任的人安排到位。
倪文亞是青年團的骨幹，是親蔣者，平素趾高氣揚，我行我素，固執傲慢，許多中常委和“立委”，出於對他的積怨和親李的需要，開始公開反對他。1989年初，倪文亞遭到立委朱高正、吳德美羞辱，因而告假，把工作擱了挑子，為緩解“立法院”的矛盾，使“立法院”工作正常化，李登輝親自於2月3日召開中央黨都會議，參加會議的人有倪文亞和副院長劉闊才，中央黨部秘書長李煥、立法院黨部委員等，聽取倪文亞的工作報告，倪文亞在會上還發了一點牢騷。
吳德美當即指責倪文亞不對，認為：
“應該能者上，庸者下，誰行用誰。院長不行就讓給副院長，誰也不例外。”倪文亞氣得一抬手把閱文桌上的水杯碰翻，茶水灑了一桌麵，也不擦，指著吳德美鼻子說：
“你要造反？！我下去，你也幹不上！”吳德美也不相讓，說；“我幹不幹，不是你說的算，大家信任誰，就選誰。本人不是想自己當什麼，而是代表群眾請你讓賢！”她又大聲地指責，豪不留情地批評倪文亞的太太郭婉容。
倪文亞氣極了，站起身求救般請李登輝評理，李登輝竟暖昧地說：
“你們二人不要激動，有話慢慢說”。
李登輝絲毫沒有批評吳德美之意，實際是在慫恿吳德美當眾與倪文亞作鬥爭。
散會了，倪文亞已感受到李登輝對自己有棄用之心，提出辭職。
李登輝回答說：
“研究研究”。
倪文亞徹底沒了麵子，失去信心，滿腹幽怨，便不來上班了。
李登輝出於禮節，請倪文亞的老朋友中常委俞國華和梁肅戎去倪文亞家挽留。
倪文亞說：
“會議上，李總統麻木不仁，我提辭職，他也不勸；我心已涼。請轉告李總統吧，謝謝他的苦心，另選他人吧！”倪文亞有自知之明，懂了李登輝的心，真的不幹了。
他的舉動，正是李登輝的希望。國民黨中央立即推舉副院長劉闊才任院長，李登輝親自提名梁肅戎任副院長。
這樣搭配，在台灣是首例，以往都是台灣籍的人做副職，大陸去的人做正職。這次，許多人認為此舉很好，隻是李登輝對於梁肅戎能否當選，心裏沒有底，因為在他提名前，國民黨中央常務委員會李國鼎提醒李登輝：“黨團糾紛，梁肅戎是cc，cc在立法院票數沒有座談會、青年團和趙自齊的多，恐怕難以當選”。李登輝已把梁肅戎能否當選看成是檢驗自己權威的事情看待了，因為這是他由副總統升為正總統後辦的第一件人事安排，於是向有關人摸底。