隨著大漢帝國主力兵團的陸續南下，臨近省份的不斷被占領，台灣軍終於無法堅持下去，盡管鄭經依舊對那座龍蟠虎踞的古城戀戀不舍，但時不我與，在戰爭形勢如此明朗的情況下，還與林風進行南京會戰的話，那也未免太過愚蠢了一些。
其實，如果就軍事布置而言，在南京戰場台灣軍未必沒有一拚之力，漢軍總參謀部在一塊的布置顯得相當輕蔑，漢軍南下的幾個主力兵團沿著長江一字排開，呈梯隊態勢渡江，正麵非常寬廣，兵力非常分散，信心極度高漲，似乎在漢軍麵前，已經沒有什麼值得重視的對手了。
就算在南京城下，與台灣軍主力作戰的部隊也僅僅不過隻有兩個軍，總兵力不過三萬多人而已，就兵力而言，雙方幾乎數量相當，甚至台灣軍還略占優勢。
不過還沒等猶豫萬分的鄭經下定決心，沿著京杭大運河迅速南下的馬英兵團就徹底打消了台灣軍的最後一絲幻想。
緊跟著皇帝南下的腳步，公元一六八九年三月初，漢中原兵團都督馬英集結了五個軍近七萬大軍，於徐州誓師出征，沿著京杭大運河，以騎兵第六軍、騎兵暫編第十四軍為主力中軍，以步兵第十一軍為左翼、步兵暫編第十六軍、暫編第十七軍為右翼，水陸並進，鋪天蓋地席卷而來，瞬間占領了蘇北全境，至三月中旬時，最前鋒的騎兵部隊，甚至已經開始竄擾到鎮江府城，對駐紮在南京前線的台灣軍的後勤補給線造成了嚴重威脅。
在這種近乎半包圍的狀態之下，戰鬥已經徹底失去了意義，即使台灣軍能夠擊敗當麵的瑞克兵團，那也不能挽回局勢了，於是，在馬英的中原兵團還沒有趕到戰場位置之前，鄭經果斷下令全軍撤退。
一六八九年四月初，台灣延平郡王所屬四萬大軍沿著長江徐徐東撤，分別於鎮江、蘇州、通州登船，經上海縣走海路撤出大陸，分兩路返回台灣、福建。
訊息傳出，整個江南一片沸騰，父老百姓奔走相告，千萬人懸在胸腔的心髒落下地來，台灣鄭經軍的撤退，這就已經標誌著江浙的和平，至少，長江中下遊是再也不會發生大規模的戰爭了。
被世人遺忘在角落裏的南京守軍尷尬異常，隨著近一年的戰火歲月，南京城已經憔悴了很多，在戰爭之前，這裏還是人口超過百萬的大城，但是現在，全城百姓加上守城的軍隊，卻連五十萬人也不到了。
負責守衛南京的偽清部隊大體上可以劃分為三個部分，一部分是正兒八經的八旗部隊，包括原本就守備江南的八旗駐軍很自北方開來跟隨簡親王喇布進攻吳三桂的京城旗兵，總兵力約莫一萬六千人左右；另外一部分就是漢人偽軍部隊，這一部分軍隊人數不少，約莫三萬四千人左右；最後剩下的一部分身份最為模糊，其中有漢人也有其他民族，正式的名稱叫做“包衣”，是依附於八旗兵存在的奴隸部隊，這一批偽軍就感情上講，比漢人偽軍跟親近八旗部隊，而且地位也較之為高，其總兵力約莫三千多人。
這支總兵力約莫五萬人的軍隊，就是清政權在中國南方地區唯一僅存的武裝的力量了。和其他地方沒有任何不同，在滿清王朝分崩離析的最後關頭，這支部隊的戰鬥欲望和戰鬥意誌也降低到了曆史最低點。
從去年八月台灣軍發動大陸攻勢開始，當鄭經統率大軍進抵南京城下時，城內的偽清大軍就立即開始了動搖和分化，其中隸屬於簡親王喇布直接指揮的那一直八旗子弟兵主張堅決抵抗，提出“戰至最後一兵一卒，以全大清之疆域、慰列祖列宗在天之靈”--這個主意在偽綠營漢軍看來簡直就是發瘋：大清的疆域在哪裏？！出了這道城門，外麵還有大清的疆域麼？至於什麼“列祖列宗”大夥倒是非常熟悉，走出軍營拐個彎，隨便找個“專賣古玩字畫”的鋪麵就能買到，從努爾哈赤開始直到康熙，一個不少，而且個個生動活潑，所以對他們要說“仰慕之心”那倒也不是沒有，但要是為他們去和別人拚命，那就大可免了。
所以，在這種情況下，分裂是在所難免的，不過到了這個時候，倒也沒有什麼人想起去火拚，一個是因為雙方彼此都擁有相當的實力，綠營偽軍人數眾多，八旗兵占據內城地形有力，若打起來說不準誰能占便宜；二個是漢軍綠營偽軍也不覺得簡親王的人頭能給自己帶來多大的好處，因為就目前的局勢來看，和滿清不共戴天恨得骨頭發癢的是漢帝國的部隊，台灣軍雖然扛的旗號是“反清複明”，但也不見對清軍有多大的惡感。
不過權力的分割是在所難免了，從去年八月中旬開始，雙方就心照不宣的在南京城內劃分了地盤，外城由綠營偽軍把手，而內層以東城門的防禦，由八旗兵防守；雙方涇渭分明，而剩餘的那支三千多人的包衣奴才軍，就各自抱了條大腿充當牆頭草的角色。