一是運用行為理論來完善和改進實驗。例如針對行為人對重複行為有厭煩的心理，在實驗設計中運用價值誘導方法，並把實驗時間控製在三個小時內。
二是運用行為理論來解釋實驗結果。許多實驗結果與理論預測出現差異，其原因是理論假設行為人是理性的，而被實驗者的行為卻是理性和非理性的統一。因此隻有運用了諸如展望理論、後悔和認知失協理論、心理間隔理論等行為理論，來分析被實驗者的非理性行為，才能很好地解釋實驗結果。
故事佐證
博弈論作為一個分析工具，已經被廣泛應用。在博弈論迅速發展的過程中，實驗研究可以說是功不可沒，發揮了重大的作用。
傳統的博弈論認為人是內省的並且具有超強的計算能力，從而得出各種納什均衡的結果。但實驗結果卻表明，經典的博弈理論對個人互動行為的研究存在大量可質疑的地方。實驗經濟學將博弈規則轉換為環境和製度，通過觀察實驗參與人的行為來檢驗博弈理論均衡預期的正確性。
1950年，梅爾翁·狄勒雪爾和梅瑞·福拉德進行了第一個博弈論實驗之後，“囚徒困境”的各種變形就成為實驗經濟學的主要研究對象之一。他們在這類實驗中觀察到，經過上百次的重複博弈，參與人的支付與均衡解相距甚遠。狄勒雪爾和福拉德認為這主要是因為博弈者不一定選擇納什均衡解，而納什則認為這主要是因為多次博弈之間會產生相互的影響。早期的其他實驗還包括雷弗以及勒帕波特和薩墨斯進行的研究，實驗中，他們都發現有關單時段博弈中存在的不同程度合作的事實，同時，實驗也證明了博弈理論的一個預測，即對個人行為的刺激在某些情況下可能給合作博弈帶來相當難度。
1957年，托馬斯·謝林公布了在一個信息對稱情形下的博弈實驗，實驗包括兩個例子：
第一：給你和你的競爭者共100美元，要求在沒有交流的情況下對於如何去達成一致意見，每個人都要在一張紙上寫出想要的數量，如果兩個要求數量之和不多於100美元，每個人將獲得剛好所要的，如果超過100美元，則什麼也得不到。
第二：你和你的兩個競爭者各擁有字母A、B、C中之一，你們每個人以任何次序寫出字母A、B、C，如果三個單子上的字母次序一樣，則你們將獲得獎金6美元，其中持有字母是所有三個單子上的第一個字母者得獎金3美元，第二者得獎金2美元，第三者得獎金1美元，如果三個單子上的字母次序不一致，則你們什麼也得不到。
據謝林的實驗，在第一個例子中，40個人中有36個人選擇50美元；在第二個例子中，擁有A字母的12個人中有9個人的字母順序是ABC，12個擁有B字母的人中有10個人選擇ABC，16個擁有C字母的人中有14個人選擇ABC。
謝林認為，暗示的變化可能有助於產生明顯的便於協商的結果，而博弈論者的高度抽象的模型可能排除了在便於協商實驗中起重要作用的因素。但謝林也意識到怎樣做實驗的細節可能很重要，有時實驗者希望回避引進多餘的影響方式構築實驗環境。多年來，謝林實驗的重大影響大多數間接地反映在實驗的方式方法上，後來的學者用此種方法解釋各種各樣的現象。
實驗經濟學對博弈論的研究後來涉及了討價還價、協調博弈等各類博弈，其中，對討價還價博弈的研究尤為引人注目。而在各種討價還價博弈實驗中，以最後通牒博弈實驗最為著名。
在最後通牒博弈中，兩個受試者被要求一次性地對一筆資金的分配達成協議。實驗時，隨機地確定一方為提約人，另一方為受約人，先由提約人提出一種資金分配方案，然後讓受約人進行選擇：如果接受這一方案，則資金就這樣分配；如果不接受這一方案，則雙方都什麼也得不到。按照標準博弈論分析方法，隻要實驗滿足兩個條件：（1）博弈雙方都是理性的（即都隻關心自己的資金收益）；（2）信息是完備的。那麼，提約人知道受約人是理性人時，子博弈納什均衡必然是受約人願意接受任何比例的分配方案，因為這樣總比什麼也得不到要好。
然而，實驗結果並非如此。無數經濟學家反複做此實驗，比較穩定的結果是，低於20%的要約有4%~60%的概率被拒絕。經濟學家往往用追求“公平”的動機來解釋這種拒絕正收益的行為。而且，很多受約人也表示因為擔心過低的要約被拒絕而主動提供一種較“公平”的要約。
最後通牒博弈實驗因其簡單而典型的特點而備受實驗經濟學家的青睞。