麵對外方股東的壓力，李培植想保住這家中國店的決心也有些動搖了。2001年年底2002年年初，在新華工程申請上市的過程中，GE、西門子、霍尼韋爾等國際知名公司先後找到新華，表達了強烈的合作願望。在對比之後，李培植最終敲定了GE，當時考慮到GE沒有自己的DCS，新華和GE在技術和產品上有互補性，這有利於新華工程的持續發展，也許是個雙贏的結果。
從2002年談到2004年，新華集團最終做出了股權轉讓的決定，但前提是GE承諾收購後的三個不變：新華的品牌不變，傳統不變，新華工程向新華集團的其他子公司采購硬件、配件及服務不變。
2004年12月，GE以其子公司新加坡通用電氣太平洋私人有限公司為買方，與新華集團簽訂了轉讓新華工程42.2%股權的合同。通過同時進行的其他股權轉讓，收購完成後，GE太平洋持有新華工程90%的股份，新華集團保留10%的股份。
在這之後的公司內部會議中，李培植不止一次地表達了對此次合作的厚望。他不止一次地說他並不是把自己的“女兒”賣掉，而是給她找了一個好婆家。他希望通過跟GE合作，能把產品打到國外去，能把事業做得更大，能把新華品牌發揚光大。與此同時，GE在收購前後也公開聲稱要幫助新華工程把產品推向國際市場。然而事實真的如此嗎？GE到底打了怎樣的算盤呢？
GE的算盤
業內人士分析，GE相中新華，並不在於新華的技術，而是想直接掌握新華的人員和工廠。新華的市場占有率很高，以後的燃氣輪機依然會使用新華的控製係統產品。GE希望借助新華來降低燃氣輪機的總成本，在華贏得更多訂單。
GE能源的最大搖錢樹就是燃氣輪機。燃氣輪機在中國的市場前景極其廣闊。西氣東輸工程的全線貫通和多元化氣體供應的逐步放大，燃氣輪機將更為搶手。當時，GE兩大主流燃氣輪機產品9F級和9E級在中國的市場份額占80%以上，而排名第二的西門子公司隻占有7%。
在收購新華工程之前，GE能源在中國獲得大量訂單後，不僅要引進控製係統，同時美國技術人員的開支也會很大。蒸汽輪機與燃氣輪機的控製係統技術相似，而新華擁有良好的施工場地和較好的控製係統技術。收購新華後，GE能源可通過新華為訂單中的燃氣輪機控製係統提供全程服務。
巨額索賠
2005年3月31日，雙方股權交易完成之後，GE太平洋將轉讓價款的27.3%作為托管金保留在了花旗銀行香港分行的專門賬戶裏，托管期限為2年，也就是2007年3月31日這筆錢應該付給新華集團。
根據另行簽訂的托管協議約定，托管金作為買方索賠以及以新華工程淨資產為調整基礎的購買價調整額的擔保，隻有在滿足一些要求之後，托管金的餘額方可支付給賣方。
令新華集團始料不及的是，2007年3月7日，在托管協議到期之前，GE以軟件許可、環保問題、未披露的重大合同、潛在的稅務責任、違反不競爭不幹擾義務等事項向新華集團提出高達1261萬美元的索賠，大大超出托管金總額。同時，GE向托管銀行發出指示，要求托管銀行從托管金中支付上述索賠款。在得知對方要求托管銀行支付索賠款後，新華集團及時向托管銀行發出了異議證明。根據托管協議約定，該筆托管金已被凍結。針對GE的高額索賠，新華集團稱，公司多次努力與GE溝通，試圖消除誤解，包括請稅務、環保主管當局向GE當麵解釋，希望其能撤回索賠，但GE仍然堅持索賠立場不變。
新華集團方麵表示，GE的索賠根本沒有道理。比如“潛在的稅務責任”一項，新華集團曾向主管稅務部門就該項索賠問題進行了請示，稅務部門認為，新華工程在由新華集團控股經營期間，一直有著良好的納稅記錄，GE索賠涉及的事項並不存在。在新華集團和GE就糾紛進行協商時，主管稅務部門還當麵向GE做了解釋，但GE仍然堅持自己的要求。
請求仲裁
在多次協商無果的情況下，2007年9月6日，憤怒的新華集團將一紙訴狀遞至香港國際仲裁中心，請求仲裁機構責令GE按照股權轉讓協議的約定支付剩餘的股權轉讓價款。幾乎同時，由於對與GE的合作不再樂觀，新華集團向GE發出了《關於要求GE收購新華控製工程有限公司10%股權的通知》。根據雙方此前的股權轉讓協議及新華工程合資合同相關條款規定，GE對該收購要求應無條件接受，股權轉讓協議應在一個月內簽署。GE隨即回函表示同意收購，但拒絕支付2004年年底雙方股權轉讓協議確認的對價，並就“不競爭事項”向新華集團另外索賠1000萬美元。雙方矛盾逐漸公開化。然而這次“不競爭事項”的索賠額已遠高出了10%股權轉讓對價。據相關人士表示，GE公司可能認為新華工程的部分市場份額被新華集團搶占。新華集團認為，對方提出的這種索賠要求同樣毫無道理。
雙方陷入僵局。截止到2008年9月，此次仲裁仍未有結果。
畢馬威和德勤卷入其中
這場糾紛同時也波及了畢馬威和德勤兩家會計師事務所。
2006年，新華工程編製了2005年度會計報表，認為公司以1994年11月30日為基準日評估資產及調賬的會計處理不符合《企業會計製度》規定，於是進行追溯調整，並且同時根據公司董事會決議決定將未分配利潤補足因上述會計差錯而多計的實收資本。
同年的3月31日，作為新華工程聘請的會計師事務所，畢馬威為其出具了審計報告，認為新華工程2005年度的會計報表公允地反映了新華工程在2005年12月31日的財務狀況、2005年度的經營成果和現金流量，符合財政部頒布的企業會計準則和《企業會計製度》的規定。於是在2006年4月，新華工程以董事會決議形式，決定將900多萬元從未分配的利潤調整至注冊資本。
新華集團認為新華工程在編製的會計報表中違反法律規定，對其以1994年11月30日為基準日的“資產評估增值部分入賬增資”會計處理錯誤地進行追溯調整。這不僅使新華集團的淨資產減少，也讓新華集團在受讓以前股東的股權時承擔了更多的受讓成本和風險，同時曆年資產重估折舊後的利潤分配給各股東並繳納了所得稅，也使新華集團蒙受了損失。新華集團同時指責畢馬威出具的審計報告為“不實報告”。
2007年2月28日，另一家會計師事務所德勤受新華工程的委托，出具了《新華控製工程有限公司2003、2004及2005年度轉讓定價分析報告》，其結論為：2003、2004及2005年度，新華工程因“轉讓定價”問題將被稅務機關進行所得稅納稅調整，數額最低為人民幣65.9909萬元，最高為人民幣2149.3210萬元。
新華集團認為，GE正是憑借包括畢馬威和德勤的這兩份不實報告在內的有關證明材料，向花旗銀行香港分行發出了買方證明，同時向新華集團發出索賠函，阻止了花旗銀行香港分行於2007年3月底將托管金支付給新華集團。一年來，由於美元對人民幣彙率下降11.2%（截至2008年8月15日），新華集團為此蒙受了240多萬元的彙率損失。
新華集團首先將新華工程與畢馬威告上法庭。2008年8月1日，上海市閔行區人民法院一審判決，新華集團勝訴，新華工程應賠償新華集團損失。而畢馬威的行為屬故意行為，應與共同侵權人新華工程承擔連帶清償責任。
在針對新華工程和畢馬威的訴訟後，新華集團以德勤出具錯誤報告而導致新華集團蒙受損失為由將其訴至法院，第二被告為新華工程。新華集團索賠兩被告連帶賠償240餘萬元。法院已於2008年8月21日立案受理。