然而，關於黃巢的最後結局，千年來卻眾紛紜。令人疑惑的是，在記述唐代的正史中就有截然不同的兩種法。一黃巢是被他人所殺，另一個卻是自刎而死。
新唐書裏，黃巢是自殺。《新唐書》黃巢傳記載，黃巢兵敗狼虎穀時對外甥林言，你拿上我的級去獻給唐朝，那麼你還可以求得富貴！林言不忍心殺黃巢，於是黃巢自刎。《新唐書》成書於宋代，而在這部書之前的五代時期就曾有《唐書》編成，後世為了加以區別，把五代時期編撰的《唐書》稱為舊唐書，而將宋代歐陽修、宋祁等人所編撰的這部稱為《新唐書》。
專家介紹，《新唐書》修撰的時代則較為安寧，因此有許多在戰亂時期不易收集到的史料，此時得到了征集和整理。舊唐書裏，黃巢是被外甥林言殺害。《舊唐書?黃巢傳》中對於黃巢之死有如下記載：“巢將林言斬巢及二弟鄴、揆等七人，並妻子皆送徐州”。不僅如此，《舊唐書》的《僖宗紀》、 《時溥傳》和《資治通鑒》、 《桂苑筆耕錄》、 《北夢瑣言》等其他書籍也都有著同樣的記載。
難道黃巢不是自殺，而是死於外甥林言之手？林言是黃巢的外甥，是黃巢身邊一名重要將領。在黃巢進入長安之後，曾經選擇5個武藝高強的人組成了一個特殊的部隊，叫做控鶴。實際上就是禁衛隊，並且黃巢任命林言為這支部隊的最高指揮官———軍使。
敦煌文獻裏卻有另法，黃巢是被貼身大將殺害。19年農曆五月二十六日，王道士偶然現了一個秘密洞窟。這個石窟就是敦煌莫高窟。令唐史學家沒有想到的是，在敦煌殘卷中竟然透露出了黃巢死因的蛛絲馬跡。敦煌文書裏有一件《肅州報告》黃巢戰敗等情況殘卷，寫道：其草賊黃巢被尚讓殺卻，於西川掉頭。
公元884年5月，黃巢在今河南中牟西，遭河東騎兵突襲，犧牲萬餘人。在此危急關頭，尚讓卻率萬人投降唐廷。有推測，尚讓很可能在混戰之中將黃巢殺死。這個戰報被立即飛報朝廷和作戰軍隊，這一情節就被記載在《肅州報告黃巢戰敗等情況殘卷》中。
對於這個法段明玉也有些懷疑，敦煌殘卷所言不足為信，另一個重要的原因是黃巢死於山東泰山附近的狼虎穀，這點多種史料記載趨於一致，相信不會有錯，那麼泰山距肅州，也就是今甘肅酒泉相差很遠，肅州地方官員何以得知黃巢為尚讓所殺？難道是此前河南中牟一戰後尚讓在聯軍的追擊中就已經趁亂殺了黃巢？這種可能性不大，若黃巢已經伏，唐王朝也就沒有必要繼續東進趕盡殺絕了，還有黃巢若在中牟之戰或者其後的大戰役中已被殺死，那麼殺死他的尚讓早就威名震下了，何以沒有任何官方資料記載和地方誌披露？